Есть такой мультимедийный файл контейнер Matroska (расширение .mkv/mka, он же «Матрёшка», если кто не знает). Отвечающий всем потребностям современный контейнер. Основан он на EBML (Extensible Binary Meta Language — расширяемый двоичный метаязык) — двоичном аналоге языка XML. Распространяется под свободной лицензией. Устойчив к ошибкам, можно создавать экранные меню, разбивать файлы на главы, паковать субтитры и многое другое. Но речь сейчас не о нем.
Разговор пойдет о пакете утилит MKVtoolnix предназначенных для работы с контейнером Matroska. Единственная тулза подобного класса которой я активно пользуюсь, притом под всем зоопарком осей установленных у меня (пакет кроссплатформенный). Я не занимаюсь кодированием видео или чем нибудь подобным, для меня это утилита приводящая в порядок уже имеющиеся медийные файлы. И как это?
Собираю по кускам. Многие фильмы попадают ко мне на машину порезанными на части (любит народ при кодировании делить фильмы на серии даже там где это не нужно (ИМХО)), собираю все в один файл.
Убираю лишнее. Есть такая проблема с HDTV фильмами — звуковые дорожки и субтитры для всех известных языков, непорядок да и размер файла растет. Оставляю только те что мне нужны.
Добавляю нужное. Проблема обратная предыдущей — иногда возникает желание посмотреть фильм на языке оригинала с включенными русскими субтитрами, или наоборот. Можно конечно хранить звуковые дорожки и субтитры отдельно и подключать по необходимости, но когда все в одном файле тяжелей потерять те же субтитры в дебрях жесткого диска по ходу жизни.
С помощью MKVToolnix можно еще много чего делать, я лишь рассказал о том чем чаще всего пользуюсь сам, и возможно это то что надо вам. И что особенно приятно все это делается в GUI интерфейсе кликами мыши (не ТруЪ, но что делать — не дорос наверное :-)), хотя MKVToolnix изначально разрабатывался для работы из командной строки и может работать в консоли.
MKVtoolnix берем тут: http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/
Для windows есть установшик, для nix’ов ставим пакеты mkvtoolnix и mkvtoolnix-gui (реальные пацаны могут ограничится первым).